Engizisyon, tarihsel olarak dini otoritenin sağlanması ve toplumda birliği koruma çabasıyla ortaya çıkmıştır. Dini sapkınlıkların önlenmesi ve Hristiyanlık inancının katı bir şekilde korunması amacıyla kurulmuş olan bu kurum, çeşitli dönemlerde farklı stratejiler ve uygulamalarla muhalefeti bastırmayı hedeflemiştir. Engizisyonun arka planında yatan sebepler, dönemin sosyal, siyasi ve dini dinamikleriyle de yakından ilişkilidir.
Engizisyon, Hristiyanlık içindeki dini muhalefeti bastırmak ve dini ortodoksluğu sürdürmek amacıyla kurulmuştur.
Kurulma nedenleri arasında şunlar yer almaktadır: